由于此前在广州举办的马拉松比赛中经常出现运动员心脏病发，因此北马组委会尤其强化了医疗保障措施。　　组委会在赛道旁间隔5公里就成立一个医疗点。跑步路线上间隔100米就有一名志愿者，专门帮助医疗急救、确保秩序，另外还有急救车一路追随参赛者。

每个医疗站皆配有简陋呼吸器、心电图机、除颤器等设备，另有救治药品、糖水、盐水、外伤用药、棉被、纸杯等物品。赛道沿途，组委会还联系了多家医院获取医疗救助。　　由于天气严寒，不少参赛者经常出现了肌肉拉伤，附近医疗站和急救车对身体呼吸困难者展开了及时医治。据理解，北京市急救中心共计处理伤病员1037人，共计965人肌肉拉伤，24人肌肉痉挛，12人弹片，5人低血糖，一人昏睡（经处理后之后比赛），24人体力不支（还包括一名现场观众），5人腹痛，1人外伤。

值得一提的是，拒绝接受化疗的人中有两名运动员，一人头皮裂伤，一人下肢疼痛。

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